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在特别调查组的报告递交上去两天后，大批来自米国军方保密部门以及fbi的工作人员在罗斯福总统的加急文件要求下由时任纽约州长的托马斯.杜威带队，火速赶到了洛斯阿拉莫斯实验室。
这些人到来后，首先接管了整个实验室的管理权限，实验室之前采用的那套领导班子直接作废，不仅如此，之前领导班子里的所有成员都被暂时限制人身自由，不仅每天要按时配合问话调查，更被全天候的监视，以防这些有“红色”嫌疑的人员泄露出任何信息给外界。
当然啦，这些人员中有不少人，比如奥本海默等，他们除了是实验室管理层的领导外，更是工程区的技术大拿，如果这些人被完全排除在工程区之外，无疑会对曼哈顿工程的进度产生影响，所以对于这些专业技术过硬的特殊人员，杜威州长的政策是尽量不去干预其工作，但对其工作外的生活进行100%的全天候监视。
管理层被犁了一遍，大量的普通工作人员其日子也不好过，本就很严格的安保工作变得近乎密不透风，之前还算有点自由的管理制度彻底作废，杜威州长亲手拟定的新制度与其说是规章，实际上与入狱指南无异，虽然与此同时杜威州长也适当提高了工作人员的薪资水准，但仍搞的大伙儿怨声载道。
实际上，杜威州长本人也为这种极端的安保措施负担起了一定的风险。
在很多外国人看来杜威的这种做法无可厚非，但如果你对20世纪中叶米国的主流意识形态有一定的了解，就会知道杜威的风险在于其触摸到了米国精神的g点，即所谓的“自由精神”。
每个国家每个民族都有他们的精神敏感点，就和千万别用集中营去刺激以色列人，也别用领土主权完整去试探大陆人一样，米国人的敏感点就是自由。不管你官位有多高，是什么出发点，何种立场，限制合法公民的思想自由以及人身自由都会招来非议，尤其是杜威还是一名前途大好的共和党员，如果此次在洛斯阿拉莫斯实验室没有做出大伙儿公认的成绩，那么在日后的仕途上难免要留下“无端怀疑民主党政府并用独裁手段限制公民人身自由”的污点。
杜威目前在共和党内属于炙手可热的新锐人物，深受党内信任的他甚至有可能在下次大选之时登上米国总统的高位，所以在洛斯阿拉莫斯实验室的工作对他而言，即使挑战也是机会，总之，他会全力以赴的不让实验室的工作出差错。
面对野心勃勃且精力充沛的杜威，奥本海默头痛异常，在1944年的这个时间，原子弹的研究大体已经完成，关于理论方面的研究除了泰勒教授提出的一些比较前卫但没人搭理的点子外，其余的已经基本结束，剩下的工作就是工业配装方面的了，在配装完成并检查无误后，接下来就可以在实战中去验证这种新式武器的威力了。
所以，此前洛斯阿拉莫斯实验室处于一种相对放松的状态，奥本海默本来要趁机完成无产国际交给他的绝密任务，但好巧不巧就在这个时候泰勒教授遇刺，又以这个事件为契机引来了国家机器的大规模安保调查，奥本海默自己作为实验室的一把手，自然是被监视到连拉泡屎都隔墙有耳的地步，别说窃取情报了，就连自己是无产党员的身份会不会因为调查暴露都成了问题。
