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邓运华院士长期致力于海洋油气地质勘查与研究，在渤海、南海及海外的油气勘探研究工作中成果丰硕。
针对渤海生油岩埋藏深、储油层浅等科技难题，邓运华提出以“断层—砂体油气运移‘中转站’为主要运移方式”等7项学术思想，为支撑的浅层油气运聚机理。
基于该理论，他带领团队9年发现了7个大油田、17个中型油田，地质储量达27亿方，奠定了渤海年产石油3000万方、成为中国第二大油田的储量基础。
邓运华提出渤海湾盆地凹陷—凸起油气聚集差异性理论，指出“东营、西部等为凹陷富集型，沾化、渤中等为凸起富集型”。
这些观点为渤海湾地区的油气勘探提供了重要理论指导，促进了渤中25-1s、蓬莱19-3等众多大、中型油田的相继发现。
通过对南海构造、沉积等多专业综合研究，邓运华提出“南海两个油气带、内带找气、外带找油”的地质思想，并且准确预测了南海深水天然气的区域分布，并被钻井所证实。
邓运华提出“生物数量决定油气生成量，营养物质控制生物数量，河流是营养物质主要来源，河流-海湾体系是世界海相石油分布主要场所”理论。
他基于这一理论建立了中国海油海外勘探技术体系，并且带领团队在非洲、南美发现了多个大中型油气田。
此外，邓运华院士出版了《浅层油气藏的形成机理》《中国近海两个油气带地质理论与勘探实践》等3部着作，以第一作者身份发表论文40余篇。
他还先后获得国家科技进步奖一等奖1项，二、三等奖3项等多项奖励。
