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司马绍即位后，公元323年，以温峤为中书令，掌诏命文翰，参预机密，深得明帝倚重。身在江州，遥控朝政的王敦对温峤颇为忌惮，奏请温峤为大将军府左司马。晋明帝虽不愿，但对王敦之令，也无可奈何，只得放人。
温峤来到王敦处后，假意勤勉恭敬，积极为王敦揽权出谋划策；他又刻意巴结、讨好王敦的心腹钱凤等人，逐渐取得王敦的信任。王敦与钱凤等死党们的很多重大谋划，也允许温峤参与了。
公元324年，丹阳尹一职空缺。温峤以丹阳位近京师，若控制丹阳，可有效监视皇帝、公卿为由，劝王敦亲自选择心腹亲信，充任丹阳尹。王敦深感有理，于是询问温峤，是否有合适人选推荐？温峤认为，最受王敦信任者，莫过于钱凤。因此，他举荐钱凤出任此职。王敦征求钱凤的意见时，钱凤则推荐温峤。经过斟酌，王敦决定由温峤任丹阳尹。
在王敦招聚众亲信，大办酒宴，为温峤饯行时，温峤担心自己离开后，钱凤会趁机在王敦面前进谗言，于是利用酒过数巡，喝的面红耳赤的机会，故意装作酩酊大醉，来向钱凤敬酒。还没等钱凤回话，温峤就揪住钱凤的衣领，做出勃然大怒的样子，咕咕哝哝的嚷道：“你钱凤算个什么东西？温太真给你敬酒，也敢不喝？”奋臂攘袖，吵嚷叫骂，完全摆出一副酗酒闹事的姿态。王敦等人赶紧将二人分开。温峤被送回寝室后，便倒头大睡了。
第二天，王敦等人送温峤上路时，温峤几次启程后，又返回来，表现出对王敦恋恋不舍的样子。王敦对温峤深信不疑，不再有防范之心。果如温峤所料，他离开后，钱凤就极力劝说王敦，说温峤是朝廷的“卧底”。王敦对此不以为然，反倒责怪钱凤肚量狭小，竟与一个醉汉去计较些鸡毛蒜皮的小事。
温峤返回建康后，将王敦的谋划、虚实，尽数禀告给晋明帝。王敦秘密安插在朝廷的耳目得知后，飞速通报王敦。王敦大为恼怒，决定以诛杀温峤等奸臣的名义，再次起兵。实则是想趁自己尚健在，一举铲除晋明帝和不肯依附自己的朝臣，改朝换代。
晋明帝根据温峤的密报，周密准备。王敦病重，已无法亲自领军征战。只好命哥哥王含统帅叛军，加之晋明帝、王导制造、散布王敦已死的假讯，令王敦散处各地的党羽们心存畏惧、观望，叛军战斗力已大打折扣。因此，朝廷军多次击败叛军。不久，王敦病死。王含、钱凤等王敦死党，也陆续被朝廷军斩杀，王敦之乱被平定。温峤因功，封建宁县公，进号前将军。
公元325年，司马绍病逝。太子司马衍即位，即晋成帝。因成帝年幼，太后庾氏临朝称制。王导、庾亮、卞壶、温峤等辅政。当时，朝廷权柄，实则掌握于中书令庾亮之手。
由于庾亮对时任征西将军、荆州刺史陶侃颇为忌惮，因此命挚友温峤任江州刺史，出镇武昌，防范陶侃。
公元327年，庾亮不顾温峤多次劝阻，决意削夺手握精兵、跋扈强横的历阳内史苏峻的兵权。他以晋成帝名义，下诏召苏峻入朝，任大司农。温峤预料苏峻必因此谋反，就请求庾亮允许自己率军入卫建康。结果庾亮回信说道：“吾忧西陲过于历阳，足下无过雷池一步也。”不久，苏峻、祖约果然起兵叛乱，进犯建康。温峤率军由武昌进屯寻阳，以待战机。
