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京营的初步整顿让崇祯看到了一丝希望，但他深知，徒有兵卒而无利器，不过是沙滩上的堡垒。目光随即投向了负责军械生产与储备的兵仗局和军器局。这两个常年被视为油水丰厚却效率低下的衙门，必须彻底改造！
旨意连发，伴随着从抄家所得中拨出的专项银两，砸向了这两个积弊丛生的机构。兵仗局领命清点武库，将还能用的兵器登记入册，不堪用的废铜烂铁则整理出来准备回炉。军器局则被勒令加紧修复旧有兵甲，同时想方设法恢复火铳、火炮等关键武器的生产。
“银子拨下去，若无人监管，只怕十成里有八成要落入私囊。”
崇祯对此心知肚明。因此，在钱粮之后，他的“眼睛”也随之而至。东厂的精锐番役直接进驻军器局，从采买原料到监工督造，全程盯防，任何环节出现异常，立刻上报。至于兵仗局，虽属御马监辖下，但掌印太监方正化正奉命整练新军、掌控宫禁，分身乏术，其下属的管事太监们慑于方公公的威势以及皇帝近期对厂卫毫不掩饰的倚重，也不敢像从前那般上下其手，贪墨之风一时竟有所收敛。
明朝的贪腐，是深入骨髓的顽疾，连太祖朱元璋那般严刑峻法都未能根除，到了这末世，更是病入膏肓，无药可救。崇祯也正因此，才不得不倚重东厂、锦衣卫这些酷烈的手段，全面介入各项事务，期望能以毒攻毒，用猛药，祛沉疴。
随着东厂在王承恩的指挥下全面运转，京师百官切实感受到了这个曾经令人闻风丧胆的机构所带来的恐怖。东厂番役执行任务，往往不需要经过三法司的繁琐程序，甚至有时连一张正式的驾帖都没有，仅凭一块“东厂”腰牌，便如同手持尚方宝剑，可以直接登门锁拿官员，押入诏狱“细细审问”。一时间，朝官们人人自危，生怕一言不慎、一步踏错，就成了厂卫的下一个目标。那种“莫须有”的罪名，“先刑后审”的恐怖氛围，再次弥漫在京师上空，让人恍惚间以为，是那黑暗的正德、天启年间重现。
崇祯甚至在心中盘算，是否要效仿正德皇帝，将西厂、内行厂也一并恢复，组成“三厂一卫”的格局，将所有的监察权力都牢牢抓在自己手中，彻底打碎东林党和文官集团对信息的垄断，实现真正的皇权独揽。“唯有如此，”他暗想，“或许才能在这危局中，杀出一条生路。”
王承恩指挥下的东厂行动效率惊人，不仅盯紧高官显贵，更开始大力肃清中下层官员中的无能与贪腐。不少尸位素餐、平日里只知吟风弄月、对本职事务一窍不通的官员被东厂番役“请”去问话。在东厂那令人胆寒的审讯手段下，这些所谓的“清流”丑态百出，有的连自己掌管的库房里有多少种火铳、刀枪如何保养都说不清楚，彻底暴露了整个官僚体系从上到下的腐朽与无能。
面对厂卫日益嚣张的气焰和皇帝越来越强硬的姿态，以东林党为首的文官集团在短暂的蛰伏和恐惧之后，终于开始酝酿反扑。
