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抵达琉球后，船队将补充淡水，并利用磁偏仪修正航向。
同时，与当地交换芭蕉、甘蔗种，开启物种交流的第一步。
接着再往南走，在这段航程中，船员们将依靠昼观日晷、夜测北极星高度来确定纬度，确保船队始终沿着正确的方向前行。
为了应对可能出现的疫病，船队在船尾专门设置了瘴气舱。
一旦有船员出现疑似症状，其衣物将以硫烟熏蒸三日，以彻底消毒。
而疫病者则会被转移至“飞星”船单独隔离，防止疫情在船队中扩散。
淡水舱与货舱之间隔以铁板，严格保障淡水的卫生安全。
水手在取水时必须戴上橡胶手套，避免污染水源。
对于食物，鱼肉必须经过酒淬火烤，确保安全无害，违者将被罚饮黄连汤，以强化饮食卫生的重要性。
