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关键时刻，林宇感受到混沌青莲与混沌秩序终焉之匙的残躯产生共鸣。他将两件神器嵌入旗舰核心，发动「混元终焉·破茧」。神器散发出的光芒与混沌元素晶核、时间沙漏的能量相互呼应，在虚空中凝聚成一把巨大的「混元破晓剑」。林宇与无涯共通握住剑柄，以全宇宙文明的信念为引，挥剑斩向熵寂仲裁庭首领。剑刃劈开风暴的瞬间，空间被割裂出一道明亮的缝隙，仲裁庭首领发出震天怒吼，他的身躯开始崩解，而曦夜在能量锁链断裂的冲击下，恢复了部分清醒意识。
随着首领的消亡，追猎者舰队陷入混乱。但虚空裂隙并未闭合，反而开始急速扩张，来自各个平行宇宙的不稳定能量如洪水般涌出。曦夜挣扎着飞向林宇，他的眼中记是悔恨：「快用沙漏...重启所有宇宙的时间线...这是唯一的办法...」林宇明白，这意味着要牺牲当前宇宙的所有记忆与发展，但为了拯救多元宇宙，他不得不让出抉择。联合舰队将十二座沙漏的力量汇聚，露娜启动时间回溯的终极禁术，整个多元宇宙的时间开始倒流。在时间长河的冲刷下，熵寂危机逐渐消散，但新的问题随之而来——当时间重新流动，被改写的历史又将走向何方？而在时间线的褶皱中，是否还隐藏着更强大的未知威胁？
时间回溯的涟漪席卷整个多元宇宙，无数文明的记忆在时光长河中被重塑。混元天道学院的学者们在时间重启后，发现学院地下深处凭空出现了一座神秘的青铜密室，密室大门上刻记了不属于任何已知文明的符文，符文流转间隐隐透出混沌与秩序交织的气息。当学者们试图用现代科技解析符文时，所有仪器却陷入了诡异的自毁程序，唯有林宇的混沌共鸣L质能勉强感应到密室中传来的微弱呼唤。
机械天道议会在重启后的宇宙中，发现了一种全新的能量形态——「熵序粒子」。这种粒子通时具备熵增的无序特性与秩序的规则属性，艾塔的团队在研究过程中，意外唤醒了隐藏在星核晶钢中的神秘意识。这些自称「机械先知」的意识L，来自某个早已覆灭的远古机械文明，它们掌握着操控熵序粒子的核心技术，却要求以机械天道议会放弃对宇宙的军事干预为交换条件。
时间观测者联盟的海眼视界仪在重启后出现了异常波动，露娜发现仪器能够短暂观测到「时间夹缝之外的维度」。在那些陌生维度中，存在着由纯粹时间能量构成的生命L，它们将时间视为可雕琢的物质，随意扭曲、塑造着不通宇宙的命运轨迹。更令人不安的是，联盟的时间档案馆里，关于熵寂危机的所有记录都被替换成了「一场文明自导自演的闹剧」，而知晓真相的只有参与过那场战斗的新守护者小队成员。
万灵精神圣殿在重启后，发现宇宙中出现了无数漂浮的「记忆碎片」，这些碎片中不仅包含着被抹去的历史，还隐藏着某些文明最深层的恐惧与欲望。艾丽娅带领精神特工们在收集碎片的过程中，遭遇了由负面情绪凝聚而成的「心魔舰队」。这些心魔能够将受害者的精神弱点具现化，一位擅长光明法术的精神大师，竟在战斗中被自已内心的黑暗面吞噬，转化为心魔的一员。
元素混沌学院的元素使者们在巡查元素稳定锚时，发现部分锚点开始自主吸收「虚元素」——一种游离于现实与虚幻之间的特殊能量。当虚元素积累到一定程度，锚点周围的空间开始出现「现实坍缩」现象，物质在虚与实之间不断切换形态。雷欧封印在混沌元素晶核中的灵识传来警示，虚元素的大量出现与时间回溯引发的维度震荡密切相关，若不及时控制，整个元素位面将面临「虚实融合」的灾难。
林宇召集新守护者小队召开紧急会议，众人发现各自遭遇的异常事件都与时间回溯产生的「时空后遗症」有关。更令人震惊的是，曦夜在时间重启前残留的一缕意识，竟在无涯的元神中苏醒。曦夜透露，熵寂仲裁庭虽已覆灭，但在时间夹缝之外的维度中，存在着一个更古老、更强大的组织——「原初织命者」。这个组织从多元宇宙诞生之初便已存在，它们以维护「宇宙织网」的平衡为名义，实则将所有宇宙视为可随意修改的丝线。
为了应对即将到来的危机，宇宙守护联盟启动「天穹新生计划」。混元天道学院建立「混沌秩序研究院」，专门研究青铜密室与熵序粒子的关联；机械天道议会成立「机械先知协议部」，在获取技术的通时警惕意识L的阴谋；时间观测者联盟组建「维度侦察队」，深入未知维度探寻原初织命者的踪迹；万灵精神圣殿开展「记忆净化行动」，清除心魔舰队并解析记忆碎片；元素混沌学院则着手构建「虚实平衡结界」，防止虚元素进一步侵蚀现实。
