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焚烧儒家经典，止游宦之民：在商鞅看来儒家和其他百家的经典书籍都是无用之物，六国的游学士子多是虚妄浮夸之人，只会引经据典空谈误国，不能真正埋头苦干。许这些书和人在秦国存在只会削弱秦军的战斗力和秦国的生产力，所以必须严格将这些对秦国有害的书和人绝在秦国之外。所以张仪、吕不韦等人若是在此时入秦，结局一定糟糕，因为此时的秦国最排斥的就是耍嘴皮子的游学士子和生意人。
强制推行个体小家庭制度——凡成年子女强制与父母分家，避免在劳动生产过程中互相依赖进而影响生产效率，扩大了国家赋税和兵徭役来源，为秦国经济实力和军事实力的壮大奠定了坚实的基础。
在完成上述变法后商鞅又开始规划营建秦国的新都城：咸阳位于关中平原中部，北依高原，南临渭河，顺渭河而下可直入黄河，终南山与渭河之间可直通函谷关。为便于向函谷关以东发展，秦孝公于公元前350年命商鞅征调士卒，按照鲁国、卫国的国都规模修筑冀阙宫廷，营造新都，并于次年将国都从栎阳迁至咸阳，同时命商鞅在秦国国内进行第二次变法。第二次变法的主要内容如下：
第一，废除井田制——“开阡陌封疆”，废除奴隶制土地国有制，实行土地私有制，国家承认土地私有，许自由买卖。
第二，普遍推行县制，设置县一级官僚机构；“集小都乡邑聚为县”，以县为地方行政单位，废除分封制，“凡三十一县”，县设县令以主县政，设县丞以辅佐县令，设县尉以掌管军事。县下辖若干都、乡、邑、聚。
第三，大力营建新都咸阳，以便向函谷关以东发展。
第四，统一度量衡制度，颁布度量衡的标准器。
第五，编订户口，五家为伍，十家为什，规定居民要登记各人户籍，开始按户按人口征收军赋——这实际上是将原来生活在各家贵族的世袭封地上的百姓正式编入国家户籍并征收赋税。
